V oblasti spravované lesním závodem Židlochovice se v lesních komplexech nachází řada přírodních hodnot. Nacházíme zde zachovalou přírodou s unikátním biotopem lužního lesa (téměř třetina celkové rozlohy lužních lesů celé ČR), ale také teplomilné doubravy se vzácnou panonskou faunou a florou. Na severovýchodě v oblasti Ždánického lesa pak i komplexy s významnějším zastoupením buku lesního. Vysoce ceněné prostředí je domovem pestré škály živočišných i rostlinných druhů, které zasluhují patřičnou pozornost.

V roce 2022 je v oblasti lesního závodu vyhlášeno sedm národních přírodních rezervací (NPR Cahnov-Soutok, Ranšpurk, Křivé jezero, Tabulová, Děvín, Krumlovsko-rokytenské slepence a Lednické rybníky), v nichž se nachází lesní porosty spravované státním podnikem o výměře 380 ha. Dalších 32 chráněných území s lesem ve správě státního podniku o výměře 1 237 ha je zařazeno do kategorie přírodní rezervace (14), národní přírodní památka (7) a přírodní památka (11). Na území LZ se rovněž rozkládá Chráněná krajinná oblast Pálava o celkové rozloze 83 km² , kde LZ spravuje lesy o výměře 2 380 ha.

Pro své přírodní hodnoty byla značná část lesů zahrnuta do soustavy Natura 2000 jako evropsky významné lokality (13 000 ha lesů) nebo ptačí oblasti (6 000 ha lesů). Na mnoha územích došlo k překryvu obou těchto kategorií, např. největší ptačí oblast Soutok-Tvrdonicko (9 575 ha) zaujímá téměř stejné území jako evropsky významná lokalita Soutok-Podluží (9 718 ha).

LZ Židlochovice se stal jedním ze zakladatelů obecně prospěšné společnosti Biosférická rezervace Dolní Morava. Ta plní roli koordinátora aktivit i v oblasti životního prostředí na území Biosférické rezervace, do níž jsou začleněny oblasti Pálava, Mikulovsko, Lednicko-valtický areál a Podluží o celkové rozloze přes 300 km ² .